Çörək Muzeyinin yerləşdiyi dəyirman XIX əsrin sonlarında rayonun tanınmış nəsllərindən olan Məhəmməd Qarayev tərəfindən inşa edilmişdi. Yerli mədəniyyət abidəsi kimi dövlət tərəfindən qorunurdu. Kompleksə karvansaray da daxil idi. Sovet dönəmində "Dəyirman həyəti” adlanan ərazidəki karvansaray yaşayış üçün uyğunlaşdırılaraq yerli sakinlərə verilir.

Dəyirman 1987-ci ildə tam işlək vəziyyətə gətirilir.

Muzeydə aparılan tərtibat işlərini Mədəniyyət nazirliyin bədii tərtibat idarəsinin əməkdaşı Eduard Krupkinin rəhbərlik etdiyi qrup həyata keçirir. Nümayəndə heyətinə isə muzeylər idarəsinin rəisi Səriyyə İsmayılova rəhbərlik edir.

1995-2000-ci illərdə Milli Məclisin deputatı olmuş, əslən ağdamlı Çimnaz Əliyeva Teleqraf.com-a müsahibəsində xatırladıb ki, ilk çörək muzeyi Almaniyanın Ulm şəhərində açılıb.

""İzvestiya" qəzetində yazı dərc olunmuşdu ki, Almaniyada belə bir muzey fəaliyyət göstərir. Bizim Ağdamda köhnə dəyirman binası var idi. O bina ikinci dünya müharibəsi dövründə Ağdamı elektriklə təmin edirdi. Dəyirman köhnəlmişdi, uçulub dağılmışdı.

Qərara gəldik ki, dəyirmanın bazasında çörək muzeyi yaradaq. Əsas eksponat da dəyirmanın özüdür. Sadıq Murtuzayevin göstərişi ilə qısa müddətdə dəyirman bərpa olundu.

Hətta dəyirman elə bərpa olundu ki, gündə 10 ton buğda üyüdə bilirdik. Muzeyə çox qısa müddət ərzində 1500-dən çox eksponat toplandı. Bütün rayonların partiya komitələrinə, digər respublikalara müraciət etdik. Səsimizə səs verdilər. Hətta kosmonavtların yedikləri çörəkləri də əldə etmişdik, ekspozisiyada nümayiş olunurdu".

Çimnaz Əliyeva xatırladıb ki, ən əsas qiymətli eksponatlardan biri Ağdamın Çalağantəpə ərazisindən tapılan, eramızdan 7 min əvvələ aid olan yanmış buğda dənələri idi: "Respublikaların, zonaların ayrı-ayrı lavaşları, çörək nümunələri, taxıl növləri, qədimdən qalma əkinçilik alətləri nümayiş olunurdu. 3 ekspozisiya zalımız var idi.

Leninqrad blokadası dövründə bir qadın övladının sutkalıq çörək payını saxlamışdı. Gəlib 3 yaşlı övladının çörək payını almağa, uşaq ölüb. O çörəyi yeyə bilməyiblər, 40 ilə yaxın saxlayıblar. Rusiya kanalında bizim muzey haqqında süjet gedəndən sonra bu qadın bizə məktub yazdı. Biz onu Ağdama dəvət etdik. Qadın çörəyi muzeyimizə təqdim etdi".

O, Ağdam Çörək muzeyini yenidən bərpa olunmasını istədiyini qeyd edib: "O muzeyin hər daşında, hər çınqılında, eksponatında əziyyətim var. Bərpa olunmasını çox arzu edirəm. Elə həmin binada bərpa edəcəyik. Ora gözümüzün qarşısında yandı... Xilas edə bilmədik".

Ermənistan Silahlı Qüvvələrinin hücumları nəticəsində muzeyə iki dəfə mərmi düşmüşdü. Birinci mərmi üçüncü sərgi zalına düşsə də, partlamamışdı. İkinci mərmi isə 1992-ci ilin avqust ayının 12-də, saat 16:40 radələrində hədəf götürmüşdü. Qarabag üzrə rayonlararası prokurorluğun baş müstəntiqi işləyən Zahid Vəliyev 64525 №li cinayət işinin materiallarında qeyd edilir ki, 12 avqust 1992-ci ildə Ağdam şəhəri keçmiş Əsgəran rayonunun Xanabad və Naxçivanik kəndləri tərəfdən güclü raket və top atəşinə tutulmuş, nəticədə raketlərdən biri Çörək Muzeyinə düşmüşdü. Məhz bu mərmi muzeyin varlığına birdəfəlik son qoyası oldu. Yanğını söndürməyə cəhd göstərilsə də, bu, mümkün olmur. Nəticədə muzeydə olan 1500-dək eksponat yanaraq məhv olur…